Historia szkoły zaczyna się w 1904 r. Wtedy inż. Józef Formiński założył dwuklasową szkołę elementarną, która do 1905 r. była placówką tajną, sprzeciwiającą się rusyfikacji społeczeństwa. Uczono w języku ojczystym.
Początkowo, ze względów finansowych, została objęta opieką Polskiej Macierzy Szkolnej, następnie Marii Zaleskiej, aż wreszcie w 1907 r. stała się prywatną własnością Heleny Dyżewskiej. W okresie tym nosiła nazwę Początkowej Szkoły Kolejowej i mieściła się przy ulicy Świętojańskiej 7, od kwietnia 1930 r. została przeniesiona do budynku przy ulicy Konarskiego 5, gdzie funkcjonuje do chwili obecnej. Był to mały budynek składający się z dziewięciu sal lekcyjnych, kilku pomieszczeń na kancelarię i pokoju nauczycielskiego oraz sklepiku.
W latach 1920 – 1947 szkoła nosiła imię Marszałka Józefa Piłsudskiego. Niestety historia tego okresu nie jest znana, gdyż większość dokumentacji została zniszczona podczas zajmowania budynku przez Niemców na szpital w roku 1939. „Ocalenie części akt – jak pisała w Kronice kierowniczka szkoły Aniela Wiśniewska – zawdzięczamy staruszkom z sąsiadującego z nami Domu Starców, które widząc zniszczenie majątku szkolnego podkradały się pod ognisko i przyciągały co grubsze, większe książki, ukryły je i oddały szkole. W tym niszczycielskim najeździe na szkołę zostały zniszczone całkowicie ogródki szkolne, boisko, budynki gospodarcze, a meble zostały wagonami wywiezione do Niemiec (…). Praca gospodarcza wielu lat mojej poprzedniczki kierowniczki Heleny Dyżewskiej i 5 lat mojej pracy zginęło. Nie było wśród nas dobrych kolegów, którzy wiele lat pracowali z nami i tylko dlatego, że byli Żydami w czasie szalejącego terroru niemieckiego zginęli w getcie siedleckim. Męczeńską śmiercią zginęło także wielu naszych uczniów. Nie zginęła tylko ta część naszej pracy, której ani ogień wojenny, ani terror barbarzyńskiego okupanta zniszczyć nie był w stanie, gdyż mieściła się ona w gorących sercach, chłonnych, zapalonych umysłach wielu tysięcy młodzieży wychowywanej przez szkołę.”
W roku 1947 szkoła powróciła do swego budynku przy ulicy Konarskiego opróżnionego przez szpitale wojskowe. Istniała w nim jako Szkoła Podstawowa nr 1 do roku 2004, kiedy to w związku z reformą oświaty zakończyła swoje istnienie.
Od 1 września 1999 r, jednocześnie z wygasającą Szkołą Podstawową funkcjonowało Publiczne Gimnazjum nr 1 im. Komisji Edukacji Narodowej powołane Uchwałą Rady Miasta Siedlce. Nowa placówka przejęła imię po wygasającej szkole podstawowej, a w roku 2002 odbyła się uroczystość nadania sztandaru.
Pierwszym dyrektorem gimnazjum była p. Halina Filipczak. 1 stycznia 2011, w związku z jej odejściem na emeryturę pełniącym obowiązki dyrektora został p. Henryk Szyszko. Od września 2011 r. dyrektorem jest p. Magdalena Olszewska-Silna.
